페르시아의 왕자 3는 왕자가 사랑하는 여인 카일리나와 함께 바빌론으로 돌아오는 전편이 끝난 이후의 이야기에서 시작된다. 그러나 그의 조국 바빌론은 전쟁에 의해 황폐화된지 오래고 왕자 역시 적에게 붙잡히는 신세가 되고 만다. 카일리나는 왕자를 돕기 위해 자신을 희생해 시간의 모래를 열어 과거로 시간을 돌리고 그때부터 왕자의 비극적인 모험이 시작된다.

이번 시리즈는 페르시아 왕자 시리즈 팬들에게 전혀 새로운 경험을 제공하는 몇 가지 특징이 있다. 우선 고대 중동 도시인 바빌론은 도시 위의 도시 같은 지붕으로 연결되어 있다. 이 지붕들은 게이머의 왕국과 같은 곳인데, 강력한 재주넘기를 자랑하는 주인공 프린스는 이 곳을 장악해서 활동하게 된다. 또한 지붕의 높은 지점에서 게이머는 먼 거리의 적과 목표를 볼 수 있다. 이러한 강력한 점프와 놀랄만한 높은 지붕은 게이머에게 고소공포증 같은 어지러움을 가져다 줄 수도 있다.

이 전설적인 도시 바빌론을 사실적인 느낌으로 표현하기 위해서 실제 중동 지역의 도시인 이집트(Egypt)의 카이로(Cairo), 마라케쉬(Marrakech)의 메디나스(medinas), 모로코(Morocco)의 카사블랑카(Casablanca) 등에서 영감을 얻었으며, 게임의 색상, 텍스처, 건축 등에 반영하였다.

다양한 액션도 눈여겨 볼만하다. 이전 시리즈와는 비교도 안될 만큼의 다양한 액션의 추가로 더욱 박진감 넘치는 장면의 연출이 가능해 졌으며, 보다 섬세해진 그래픽과 레벨 구성으로 게이머의 눈을 즐겁게 해줄 것이다.