스토커 : 콜오브 프리 피야트의 이야기는, 시리즈 1편인 「스토커 : 쉐도우 오브 체르노빌 」의 엔딩 직후부터 시작된다. 이공간 「ZONE」의 확보를 위해, 정부는 군을 파견하는 Fairway란 이름의 대규모 군사 작전을 펼치게 된다. 우선 헬리콥터에 의한 상공으로부터의 정찰을 실시해 지역의 지도를 작성하고 다시 지상 부대를 파견할 계획이었다.
　
하지만, 정찰을 위한 헬리콥터가 원인 불명의 추락 사고를 차례로 당하고 계획은 중단된다. 사태의 심각성을 깨달은 정부는 특수요원을 파견해 사고 조사를 진행시킨다.

게임의 부제목 프리 피야트는 체르노빌 원자력 발전소에 근무하는 사람들이 거주하던 마을로, 폭발 사고 이후 폐기되어 현재는 유령마을로 변한 실제 장소이다. 그런 프리 피야트가 본작의 메인 무대가 된다.

제작사는 본작의 키포인트로 프리 피야트 마을이나, Yanov역, Kopachi마을 등, 실제의 장소를 충실히 재현한 그래픽과 신몬스터의 등장, 플레이어가 수면을 취할 필요가 있는 라이프 시스템, 게임 클리어 후의 프리 플레이, 그리고 X-Ray Engine Version1.6의 채용등을 들고 있다.