프로젝트 제노클론은 수수께끼의 크리쳐와 싸우는 3인칭 시점의 액션 슈팅 게임이다. 조작은 이동 키를 포함 몇 개의 키만으로 가능하며, 공격은 마우스의 좌우버튼을 이용한다. 게임 진행시 시점의 변경은 마우스 커서의 이동에 따라 변경된다.

플레이어는 연구소와 같은 시설을 배회하며 크리쳐와 싸우면서, 여러 아이템이나 다음 단계를 위해 출구를 찾게 된다. 장비한 레이저 소총에는 마우스의 왼쪽과 오른쪽 버튼에 대응한 파랑 빔과 빨강 빔이라고 하는 2종류의 공격 방법이 있다. 등장하는 적크리쳐도 파랑과 빨강으로 나누어져 있어 푸른 적에게는 붉은 빔을, 붉은 적에게는 푸른 빔을 발사 해야만 쓰러뜨릴 수 있다. 그러나 양쪽 모두의 적이 한 번에 공격하기 때문에, 플레이어의 빠른 판단이 요구된다.

마우스의 양버튼을 동시에 누르면 양쪽 모두의 빔을 발사해 동시에 공격할 수 있지만, 빔의 잔량에 한계가 있기 때문에 정확한 공격이 필요하다. 그리고, 화면의 오렌지 바가 100%가 되면 E키로 스페셜 공격을 펼쳐 주위의 적을 한번에 섬멸 할 수 있으므로, 위기에 처했을시 스페셜 공격으로 쉽게 벗어날 수 있다.

전체적으로 게임은 아케이드적인 성격이 강하며, 스피디한 게임 전개와 심플한 조작의 액션 등, 저사양의 간단한 액션 게임을 좋아하는 게이머들에게 추천한다.