디지몬 마스터즈 온라인은 디지탈릭에서 지난 2003년 선보인 세계 최초 디지몬 온라인 게임 디지몬 RPG에 이어 애니메이션을 소재로 한 2번째 온라인 게임이며, 애니메이션 5기 디지몬 세이버즈를 중심으로 전편들의 스토리를 모두 포함하고 있어 배경 및 캐릭터가 총 출동하게 된다.

특히, 원작 설정을 바탕으로 게임적인 요소를 최대한 추출하여 게임 시스템으로 구성하여 다른 MMORPG들과는 차별화된 구성요소를 가지고 있다. '가지트리형 진화트리'를 기본으로 하고 있으며, 애니메이션에서 등장하는 진화개념이 대부분 지원될 예정이다.

또한 테이머와 디지몬과의 상관관계에 의하여 타 게임에서 볼 수 없었던 신개념의 시스템들이 많은 것이 특징인데, 전투시스템, 디지소울시스템, 상대레벨시스템, 속성시스템, TCG카드시스템 등 이름만으로는 다소 어려워 보이는 내용의 요소가 많다.

하지만 개발관계자의 말에 의하면 디지몬을 사랑하고 이해하는 사람이라면 누구나 아무런 거부감 없이 쉽게 적응할 수 있을 것이라고 하며, 디지몬을 사랑하는 모든 연령층을 대상으로 개발하므로 사용자 인터페이스 및 게임 흐름을 위한 환경을 초보자를 위해 쉽게 제공하며 고급사용자를 위한 환경까지 고려하고 있다고 한다.

특히 디지몬 마스터즈 온라인에서는 온라인게임 최초로 ‘카드리더시스템’이 도입될 계획으로, 현재 디지몬 국내 라이센서인 반다이코리아와 공동 진행 중에 있다. 카드리더시스템은 해당 카드를 '디지털트랜스'라는 바코드 리더기를 통해 카드정보를 실시간으로 게임에 적용시켜 아이템 및 캐릭터가 등장하는 독특한 시스템이다.